Schon im 14. Jahrhundert gab es eine Kirche an anderer Stelle, die heute noch als Kirchwiese bezeichnet wird. Durch Überschwemmungen erwies sich dieser Standort nicht mehr als günstig. Auch eine Kapelle muss es in Schönau im 15. Jahrhundert gegeben haben, die sich aber auch nicht erhalten hat. 1688 wurde nach jahrelangen Bemühungen um die Finanzierung mit dem Bau einer neuen Kirche begonnen, der 1689 abgeschlossen werden konnte. Um diese Kirche hat sich in Schönau ein sehenswertes Ensemble, bestehend aus Pfarrhaus von 1825/26, Pfarrscheune, Stall, Backhaus und Schule erhalten. In der ehemaligen Scheune ist heute ein Museum eingerichtet.

Der Sandstein für das Mauerwerk der neuen Kirche wurde im benachbarten Kahlenberg abgebaut. Eine schlichte Holztonne überspannt den einfachen Raum. Der Altarbereich im östlichen Teil ist architektonisch nicht vom Langhaus getrennt. Die barocke Kanzel, Taufstein und Emporen sind einfach und solide gestaltet. Die Sakristei an der Südseite und ein Herrschaftsstand an der Nordseite sind Holzeinbauten, die schnörkellos ihre Aufgaben erfüllten und dabei doch die hierarchische Ordnung in der einstigen dörflichen Gemeinschaft zur Schau stellten. Der schlichte Dachreiter nimmt die Glocken auf. Die Zugänge zu den Emporen wurden 1878 nach innen verlegt. Ein Grabstein erinnert an den Pfarrer David Pistorius, dessen Bemühungen das Dorf den neuen Kirchenbau zu verdanken hat. 200 Jahre nach dem Bau der Kirche erhielt die Gemeinde eine neue Orgel der Firma Knauf aus Gotha. Die Bänke stammen aus der Meininger Schlosskirche, die 1979 in Schönau Aufstellung fanden.

Mit der Renovierung von 1949 wurde ein Wandgemälde an der Südseite geschaffen, das Christus als „Guten Hirten“ zeigt. Es stellt Jesus mit Heiligenschein und Hirtenstab dar, der auf einer Weide steht. Drei Schafe schmiegen sich an ihn. Daneben wird aus dem Johannesevangelium zitiert: „Ich bin der gute Hirte und erkenne die Meinen.“ (Joh. 10, 14). Christus erzählt ein Gleichnis von Schafen, die ihren Hirten kennen und vertrauen. Er möchte seinen Zuhörern verständlich machen, dass er für sie in die Welt gekommen ist. Er kann für sie Verantwortung übernehmen, wenn sie ihn als Hirten anerkennen. Dass diese Bibelstelle in der Kirche von Schönau zitiert und illustriert wird, ist kein Zufall. Sie spielt auf eine Legende an, die sich am Hörselberg ganz in der Nähe des Dorfes zugetragen haben soll. Aus dem benachbarten Dorf Kahlenberg weidete ein Hirte seine Schafe bei großer Hitze und Trockenheit. Vom Durst gequält, betete er zu Jesus Christus und unverzüglich sprudelte aus dem Boden eine frische Quelle, die bis heute fließt und Jesusbrünnlein heißt. Seit Jahrzehnten werden zu Trinitatis am Jesusbrünnlein Waldgottesdienste gefeiert.

Die Empore hinter dem Altar soll bei einer geplanten Renovierung entfernt werden, damit das Chorfenster wieder sichtbar wird. Die Gemeinde möchte dieses Fenster künstlerisch gestalten. Ein Entwurf, der momentan den Altarraum schmückt, orientiert sich auch am Motiv des guten Hirten. Er stammt vom Glaskünstler Gert Weber aus Gräfenhain.

Die Hirten-Metapher findet sich auch in Psalm 23: „Der Herr ist mein Hirte, mir wird nichts mangeln.“ (Ps. 23, 1) Das Bild des Hirten verstehen Menschen weltweit über viele Jahrhunderte hinweg, weil es sich auf die bäuerliche Lebenswirklichkeit bezieht, in der Mensch und Tier aufeinander angewiesen sind. Die Schönauer Kirche soll in Zukunft den Namen „Zum Guten Hirten“ tragen. Biblische Geschichten, die umgebende Natur und lokale Erzähltradition werden auf diese Weise sinnstiftend miteinander verbunden und geben den Menschen vor Ort die Zuversicht, dass sie in Gott geborgen sind, wie Schafe in der Obhut eines guten Hirten.