Die Kirche ist der Heiligen Margareta geweiht, die sich in der mittelalterlichen Frömmigkeit großer Beliebtheit erfreute. Die Legende berichtet, dass Margareta von Antiochien Christin war, die den Heiratsantrag des Stadtpräfekten ablehnte. Er ließ sie daraufhin foltern und einsperren. Ein Drache erschien als Versucher im Kerker. Sie bändigte ihn mit dem Zeichen des Kreuzes. Die Wunden ihrer Folterungen heilten auf wundersame Weise immer wieder, weshalb sich viele Zeugen ihres Martyriums zum Christentum bekannten. Letztlich tötete man die Heilige durch Enthauptung. Darstellungen zeigen Margareta oft mit einem Drachen. Sie zählt zu den Nothelfern und gilt als Patronin der Gebärenden. Angesichts der hohen Sterblichkeitsraten bei Geburten in früheren Jahrhunderten ist die Wertschätzung dieser Heiligen gut nachzuvollziehen.

Melborn entstand ab 1174 aus einer Zelle des Klosters Fulda heraus. Die Kirche geht in Bau und Ausstattung vor allem auf die Zeit nach 1650 zurück, weil die mittelalterliche Kirche im Dreißigjährigen Krieg stark zerstört wurde. Vom vorreformatorischen Bau hat sich der Altar erhalten. Der Turm beherbergt zwei bedeutende Glocken aus vorreformatorischer Zeit. Eine ist den Evangelisten und der Namenspatronin der Kirche geweiht. Bei der anderen handelt es sich um eine sogenannte Alphabetglocke. Sie soll aus der nahe gelegenen Wüstung Gospenroda stammen und wird in das 15. Jahrhundert datiert. Die Chorturmkirche bildet zusammen mit dem Pfarrhaus ein idyllisches Ensemble. Auf dem steinernen Turmuntergeschoss, setzt ein verbretterter, achteckiger Turm mit Schweifhaube auf. Der Altarraum mit angeschrägten Ecken öffnet sich in einem runden Triumphbogen zum Langhaus, an dessen Seiten eingeschossige Emporen stehen. Im Westen befindet sich die Orgelempore. Eine hölzerne Tonne überspannt den Raum. Die Decke des Altarraums ist als Sternengewölbe gestaltet. Wesentliche Baumaßnahmen haben noch einmal um 1769 stattgefunden. Ein bemerkenswertes Stück kunsthandwerklichen Schaffens ist ein gusseiserner Leuchter, der wohl aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhundert stammt. Umgeben von reich mit Engelsköpfen und floralen Ornamenten verzierten Leuchterarmen steht die Figur des segnenden Christus. Die Kanzel ist älter und entstand wohl um 1650. Sie wird von Ecksäulen geziert, zwischen denen Bogenfelder Verse aus der Bibel tragen. Auch das kelchförmige Taufgestell stammt aus der Zeit von 1650. Taufe und Kanzel zeugen von der Kraft des Neuanfangs nach den Verwüstungen des Dreißigjährigen Krieges.

Der Bewältigung von Kriegs- und Gewalterfahrungen dient auch eine Tafel mit den Fotografien der Männer des Dorfes, die im Ersten Weltkrieg kämpften und starben. Mit den Opfern des Ersten und Zweiten Weltkrieges befasst sich zudem der Gedenkstein vor der Kirche. In der Kirche sind die meisten der hier genannten sicherlich getauft worden. Sie waren Kinder, die im Dorf gespielt haben und mit Zukunftsplänen in ihren Familien heranwuchsen. Man hatte sie im Glauben unterrichtet und konfirmiert. Doch dann verließen sie die Gemeinde. Viele gingen ihr für immer verloren. Lediglich ihre Namen und Fotografien konnte man zurück in die Kirche holen. Die Lücke, die sie ließen, wird nur ertragbar mit der Hoffnung, dass sie in Gott Frieden finden.