Nicht wie üblich auf dem Marktplatz findet man in Gerstungen die Kirche, sondern auf einer Anhöhe neben dem Stadtzentrum, denn die Kirche war einst Teil einer Burganlage. Das Gotteshaus diente somit den Stadt- und Burgbewohnern gleichermaßen als Versammlungsstätte. Die Kirche bildet mit dem Fachwerkpfarrhaus ein beschauliches Ensemble in der Nähe des Werramuseums. Ältester Bauteil der Katharinenkirche ist der spätgotische Chor aus dem 15. Jahrhundert. Später wurde dieser durch einen Turmaufsatz aus Fachwerk ergänzt. Über dem Triumphbogen des Chores erinnert ein spätgotisches Kruzifix an die Passion Christi. Nach einem Brand 1588 wurde das Kirchenschiff neu errichtet. Die beiden unteren Emporen stammen aus der Zeit um 1600. In der Mitte des 18. Jahrhunderts erhöhte man den Raum noch einmal durch das Aufsetzen eines Mansarddaches und fügte eine dritte Empore ein. Die Brüstungsfelder zeigen biblische Szenen und orientieren sich an Vorlagen der im 19. Jahrhundert weit verbreiteten „Bibel in Bildern“ von Julius Schnorr von Carolsfeld. Aus der Epoche der Renaissance stammt die steinerne Kanzel, mit Reliefs der Evangelisten und der Dreifaltigkeit am Kanzelfuß. Der Schalldeckel dagegen entstammt dem Barock, wie auch das üppig dekorierte Lesepult und der Orgelprospekt.

Der ansässige Adel nutzte die Gerstunger Kirche zudem als Grablege wovon noch heute zahlreiche Grabsteine in der Kirche und an ihrer Außenmauer zeugen.

Aus vorreformatorischer Zeit stammen die Grabplatten der Burgherren Heinrich und Caspar von Boyneburg. Nachreformatorisch ist die fein gearbeitete Grabplatte der Emilia Leonhardt am Übergang zwischen Chor und Langhaus von 1588. An der Südwand erinnert eine ganze Reihe von kleineren Grabplatten aus dem 17. Jahrhundert an die aus Magdeburg stammende Familie von Guericke.

Als Begräbnisstätte ist die Kirche auch ein Ort des Totengedenkens. Im Zentrum steht der gekreuzigte Christus, der den Tod überwunden hat. Auf ihn richten sich alle Hoffnungen der Sterblichen. In vorreformatorischer Zeit konnten die Hinterbliebenen durch Seelenmessen, Opfergaben und Gebete dem Seelenheil ihrer Verstorbenen dienen. Diese Form der sogenannten „Werkgerechtigkeit“ lehnte Martin Luther ab. Erlösung erfolge nicht aus frommen Taten, sondern allein aus der Gnade Gottes und dem Glauben an die Erlösung durch Jesus Christus heraus.

Einige Religionswissenschaftler vermuten den Ursprung der Religionen auch in der erschütternden Konfrontation des Menschen mit dem Tod. Das Kirchgebäude bietet einen Raum, in dem wir uns im Glauben mit dem verstorbenen und auferstanden Christus verbinden und durch ihn eine Gemeinschaft mit den Toten bilden können. So bedrückend die Begegnung mit dem Thema Tod in der Kirche auf den ersten Blick wirken kann, so tröstlich ist doch das Versprechen von Auferstehung und ewigem Leben, das die christliche Religion ihren Gläubigen mit auf den Weg gibt.